耶尔森菌是一种新的鉴定菌株的基因组工具

比如鼠疫杆菌引起鼠疫，而小肠结肠炎耶尔森菌和假结核耶尔森菌是肠道疾病的病因。巴斯德研究所的研究人员开发了一种新的基因组分析方法，可以对所有耶尔森菌菌株进行分类和鉴定，并估计其致病性。

在耶尔森菌属(肠杆菌科的一部分)中，目前有19种和三种病原体影响人类：

鼠疫耶尔森菌；-和食源性致病菌小肠结肠炎耶尔森菌和假结核耶尔森菌，可引起肠道耶尔森菌，可通过食物传播。

它是小肠结肠炎耶尔森菌温带和寒带国家细菌性腹泻的第三大病因，仅次于沙门氏菌和弯曲杆菌。在法国，大多数感染发生在孤立病例或影响小群体。

“过去，菌株是通过生化方法鉴定的，有时缺乏准确性。它们依赖于代谢反应，当非典型反应发生时，会导致错误识别。”国家鼠疫和其他疾病参考中心(CNR)副主任西里尔萨温(Cyril Savin)表示，耶尔森氏菌感染是由巴斯德研究所发起的。

需要更准确的鉴定。

在这种情况下，适用于所有耶尔森菌物种(包括尚未描述的那些)的鉴定策略是一种有用的资产。因此，巴斯德生物多样性和细菌病原体流行病学研究所的科学家与CNR和计算生物学系生物信息学和生物统计中心一起，开发了一种基于基因组的方法来识别耶尔森菌的菌株(基因组包括DNA中包含的所有基因)。

“我们开发了一种分析基因组序列的方法，可以快速全面地翻译，”细菌病原体生物多样性和流行病学负责人Sylvain Brisse解释说。“当我们扫描每个菌株的耶尔森菌基因组中许多基因的序列时，我们意识到每个细菌都有其独特的遗传特征。该方法包括将这种遗传特征转化为标准化的‘条形码’。”

通过将这种方法应用于耶尔森氏菌，鉴定了3000多个条形码，其中一些发现了新的物种。西尔万布里斯(Sylvain Brisse)继续说道：“我们的工作最终以标准化的语言进行，这样所有的实验室都可以识别这些代码。”为了传播该方法，向公众提供了对“条形码”(基因组图谱)和相关鉴定细节数据库的访问权限，以便世界各地的实验室可以使用自己的基因组序列来鉴定耶尔森菌菌株。

使用自动分类算法，每个基因组图谱与其物种和遗传谱系相关联。“我们对耶尔森菌菌株基因图谱的比较显示了令人惊讶的生物多样性水平，包括几个新的和以前未知的物种。现在可以根据基因组图谱极其可靠地识别菌株。”计算系的生物信息学家亚历克西斯克里斯库洛(Alexis Criskulo)说。“使用这种方法，我们还可以更准确地确定CNR发送给我们的菌株的致病性。其中33%左右没有致病性！”强调Cyril Savin。实际上，准确识别菌株至关重要，因为耶尔森菌的致病性与菌株不同：“它可以更有效地监测患者，还可以用于指导公共卫生措施的推广，”巴斯德研究所耶尔森菌研究部门负责人JavierPizarro-Cerd解释道。

菌株分类学——细菌感染领域的主要挑战

微生物多样性的分析在解决传染病方面起着关键作用。作为其2019-2023年战略计划的一部分，巴斯德研究所正在寻求扩大其在微生物菌株分类学(生物学的一个分支，旨在将活生物体分为称为分类群的组，以识别它们)方面的专业知识。这个基因组分类学项目是一个更大计划的一部分。为了增加研究对健康的影响，巴斯德研究所与国家参考中心(CNR)和巴斯德研究所成员机构合作，开展了一个旨在组织、更好地描述和促进巴斯德研究所生物收藏的项目。国际网络。这一概念与全球健康概念相关，全球健康概念基于以下观点：健康问题应在全球范围内解决，人类、动物和环境健康应相互依存并形成一个整体(“一个健康”的概念)。一起解决。在此框架内，成功完成了其他基因组分类项目，从而可以对巴斯德研究所研究的其他细菌(如李斯特菌、钩端螺旋体、克雷伯氏菌和罕见的伊丽莎白女王)进行监测、分类和解码。

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