为ON-rep-seq，可检查细菌基因组的选择性，菌株特异性片段，从而产生较早的结果，而该结果需要对整个细菌基因组进行DNA测序或诸如脉冲场凝胶电泳之类的乏味方法，以前一直是微生物菌株级分型的黄金标准。因此，该方法有可能通过减少分析的时间和成本消耗来改变用于调查基于食物的疾病暴发的方法。

如今，基于细菌DNA的细菌检测和鉴定需要昂贵的仪器，并且需要训练有素的专家进行数小时的工作。假设有一个怀疑的沙门氏菌爆发。通常，为了确定其起源，研究人员不仅要分析许多样品，而且分析必须精确，以便将一种细菌菌株与另一种细菌菌株区分开。

这项研究的一位研究人员卢卡斯说：“我们的新方法可以在不到两个小时的时间内识别和分类数百个样本，我们希望在短时间内可以将其减少到”实时”。Krych，副教授在食品科学系在哥本哈根大学，丹麦。

该方法建立在用于太空DNA测序的设备上

新方法基于纳米孔测序，这是一种新的实时DNA测序方法，“肯定会彻底改变DNA测序的未来”。

该研究项目是与波兰公司GenXone SA合作进行的，该公司帮助建立了生物信息学流水线，而该流水线对于快速，高效地分析测序数据是必需的。

牛津纳米孔技术有限公司提供的最小的测序仪，称为MinION，是一款售价999美元的手持式USB供电设备，于2015年商用。一年后，它被带到了国际空间站，在那里它实现了首次DNA测序。历史上是在零重力条件下进行的。尽管MinION提供了无可争议的DNA测序革命，但很快就清楚了该设备生成的数据由于例如测序错误而仍不完美，而分析仍然相对昂贵(每个细菌约150美元)。

具有快速和廉价分析的小型设备为食品安全提供了巨大的机会

哥本哈根大学食品科学系的科学家们发现了一种利用这项技术一次分析数百种细菌的方法，将成本降低到每个细菌不到2美元，而同时将准确性提高到了200多美元。