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也门霍乱疫情的神秘面纱解决了

导读 科学家发现了也门最可能的霍乱疫情来源。通过使用基因组测序,Wellcome Sanger研究所和巴斯德研究所的科学家估计,导致也门目前爆发的霍乱

科学家发现了也门最可能的霍乱疫情来源。通过使用基因组测序,Wellcome Sanger研究所和巴斯德研究所的科学家估计,导致也门目前爆发的霍乱病毒 - 有史以来最严重的霍乱爆发 - 来自东非,随着人口迁移进入也门进出该地区。

今天(1月2日)在“自然”杂志上发表的研究结果显示,基因组数据和技术可以使研究人员估计像也门这样的地区未来霍乱爆发的风险,并最终用于更好地针对干预措施。

自记录开始以来,也门正面临着最严重的霍乱疫情。这种疾病已经影响了100多万人,导致近2500人死亡。联合国估计,也门2900万人口中有1600万人无法获得安全用水和基本卫生设施。

也门的人口经历了两次霍乱爆发;第一次发生在2016年9月至2017年4月之间,第二次发生在2017年4月晚些时候,此后导致超过100万例疑似病例。

为了解这些毁灭性霍乱爆发背后的细菌菌株的性质,来自Wellcome Sanger研究所,巴斯德研究所及其合作者的研究人员对也门和附近地区收集的霍乱样本的霍乱弧菌基因组进行了测序。

该小组对来自也门爆发的42个霍乱弧菌样本进行了测序。为此,在也门本身以及沙特阿拉伯 - 也门边境的也门难民中心以及来自南亚,中东和东非及中非的74个其他霍乱样本中收集了样本。

研究人员将这些基因组序列与来自当前和正在进行的大流行的1000多种霍乱样本进行了比较,这些样本被称为第七次霍乱大流行,始于20世纪60年代,由单一的霍乱弧菌引起,称为7PET。

科学家发现导致也门流行的霍乱菌株与2012年首次出现在南亚的菌株有关,该菌株已在全球蔓延,但也门菌株并未直接从南亚或中东地区流出。在2016年出现在也门之前,这种特殊的霍乱菌株在2013年至2014年期间在东非流行并引发爆发。

来自Wellcome Sanger研究所和伦敦卫生与热带医学学院的Nick Thomson教授说:“基因组学使我们发现,也门破坏性和持续流行病背后的霍乱病毒可能与东非人口迁移有关。进入也门。了解霍乱如何在全球范围内发挥作用,使我们有机会更好地为未来的疫情做好准备。这些信息有助于为更具针对性的干预措施提供战略信息,最终目的是减少未来流行病的影响。“

Dr. François-Xavier Weill, Head of the Institut Pasteur's Enteric Bacterial Pathogens Unit, said: "Genomic analysis continues to show its power to provide a high resolution, detailed view of the bacteria that causes cholera, Vibrio cholerae, which is critical to tackling this devastating disease. Like the other major cholera outbreaks around the world, we discovered that the atypical strain of bacteria behind the Yemeni cholera epidemic is linked to the single lineage called 7PET, which is responsible for the current and ongoing global pandemic. This potentially enables us to focus our research and direct interventions towards this particular lineage of Vibrio cholerae to greater effect."

与之前的理论相反,也门的两次爆发霍乱是由两种不同的菌株引起的,这项研究显示它们是由于2016年进入也门的霍乱弧菌的同一株菌引起的。虽然大多数霍乱菌株引起流行病该团队对许多抗生素产生抗药性,他们发现了一种不同寻常的发现,即也门霍乱菌株对这些抗生素很敏感。

现在位于美国洛斯阿拉莫斯国家实验室的Wellcome Sanger研究所的访问科学家Daryl Domman博士说:“令人惊讶的是,我们发现导致也门爆发的霍乱菌株对抗生素的耐药性低于相关菌株。导致也门霍乱疫情的菌株已经删除了导致临床相关抗生素耐药的四个基因,使其更容易受到治疗。“

巴斯德肠道细菌病原体研究所的科学家,国家霍乱弧菌和霍乱国家参考中心负责人Marie-Laure Quilici博士说:“这项研究再次说明了基因组微生物监测和跨境合作在理解全球的关键作用所有国家都需要了解这一点并采取相应行动,以实现世界卫生组织霍乱控制全球工作组制定的目标,该目标旨在到2030年将霍乱死亡人数减少90%。“

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