新的基因组学工具ECCITEseq扩展了多模式单细胞分析

由纽约基因组中心(NYGC)技术创新实验室(@NYGCtech)的科学家开发的一种名为ECCITE-seq的新技术允许研究人员对来自单个细胞的多种信息模式进行高通量测量。

今天发表在Nature Methods上的ECCITE-seq技术代表通过测序扩增的CRISPR兼容的转录组和表位的细胞索引。ECCITE-seq平行分析来自数千个单细胞的不同类型的生物分子，提供广泛的信息，可用作基于CRISPR的混合遗传学筛选中的读数。

“ECCITE-seq是下一代工具，可以增强我们更彻底地研究单个细胞并更好地了解疾病机制的能力，”NYGC科学总监兼首席执行官Tom Maniatis博士说。

2017年，技术创新实验室发布了一个相关工具CITE-seq，该工具能够在单个细胞中检测蛋白质和转录组。他们通过使用相同的概念对单个样品进行条形码编码，从而允许在2018年发布的名为Cell Hashing的方法中复用单细胞RNA测序实验。

“对于ECCITE-seq，我们调整了我们之前关于蛋白质检测和样品多路复用的工作，并将它们与直接检测用于CRISPR筛选的单一指导RNA的能力结合起来，”NYGC技术创新实验室经理Peter Smibert博士说道。作者对新研究。“ECCITE-seq中的单独测量是模块化的，因此研究人员可以选择他们需要为他们提出的问题做出哪些测量，”他继续道。

“也许这种方法最重要的应用在于CRISPR屏幕，”纽约市科技创新实验室高级研究科学家，该研究的第一作者Eleni Mimitou博士说。“将指南的直接捕获与多模式读数相结合，有望使这些单细胞筛选更加稳健和高效，并揭示单独在RNA水平无法检测到的细胞表型，”她继续说道。在原理证明分析中，Mimitou博士及其同事展示了高效的指导捕获以及针对靶转录物的指导特异性反应和显着降低的蛋白质水平。ECCITE-seq与现有的CRISPR指导库兼容，可广泛应用于检测单细胞水平的扰动。

ECCITE-seq基于10x Genomics的单细胞免疫分析解决方案，使研究人员能够重建个体免疫细胞的克隆型。研究人员将蛋白质检测与转录组和克隆型结合起来，以表征皮肤T细胞淋巴瘤患者样本中的恶性人群。结合模式可以精细解剖特定的细胞亚型，并有助于揭示恶性细胞的转录组学特征。

“虽然我们已经证明了这种方法在癌症中的实用性，但它是一个可以应用于一系列生物系统和疾病研究的平台。随着未来的发展，包括增加新的模式，我们看到ECCITE-seq和未来扩展它的方法作为更好地审查个体细胞的基本工具，“Smibert博士解释说。

为了更好地服务于单细胞RNA-seq社区，该小组一直在通过CITE-seq.com公开分享协议和建议，这个平台导致许多其他小组在出版之前使用ECCITE-seq。

技术创新实验室是NYGC内的一个专门的孵化器，由一个多学科团队组成，其中员工科学家和教师以及许多研究合作者可以探索和测试突破性的基因组工具和想法。该研究的共同作者包括技术创新实验室的其他成员，NYGC核心教员Rahul Satija博士实验室成员和纽约大学联合任命的Neville Sanjana博士以及纽约大学Koralov实验室成员和杰克逊实验室的欧阳实验室。

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