东英吉利大学的科学家们正在探索一种新的发现与癌症有关的细菌和病毒的方法。已经将一些感染与包括胃癌和宫颈癌在内的癌症联系起来。

今天发表在《基因组生物学》上的新研究表明，如何对从肿瘤中收集的基因组数据进行测序，以揭示其他相关细菌和病毒。

希望这项工作可以帮助发现引起癌症的细菌，甚至有一天可以导致更多的癌症疫苗，例如HPV疫苗。

来自UEA诺里奇医学院的首席研究员Dan Brewer博士和Earlham研究所(EI)的客座工作人员说：“我们已经知道感染和癌症之间有很强的联系。例如，消化道中可能存在幽门螺杆菌。导致胃溃疡，并与胃癌有关。

“与此同时，某些类型的HPV病毒可引起宫颈癌。

“随着我们进入基因组医学时代，人体组织越来越多地被全基因组测序。

“当对肿瘤样本进行全基因组测序时，来自任何病原体的DNA也将被测序，从而有可能检测和定量病原体。

“这为我们提供了绝佳的机会来收集数据，这将有助于我们发现细菌与病毒与不同类型的癌症之间的新关联。”

该研究小组制作了计算机模拟程序，以测试多种方法，然后再对实际的癌症序列数据进行测试，并在其中检测出一系列有趣的病原体。

同样来自UEA诺里奇医学院的研究生研究员亚伯拉罕·吉哈维(Abraham Gihawi)说：“已经有大量的科学工具可以根据其基因组序列数据对生物进行分类。这项新的研究着眼于在人体组织上进行生物识别的每个关键计算步骤。排序数据。

“我们收集了计算机脚本，这些脚本结合了性能最高的工具，可应用于大量的测序数据。

“我们使用计算机模拟，然后在一些真实的癌症序列数据上测试了我们的方法。

“为了进行模拟，我们产生了'模拟'基因组，其中主要包含人类序列，并掺入了极少量的致病序列，这正是我们期望在癌症序列中看到的。

“由于我们确切地知道每个模拟基因组中有哪些病原体，以及有多少病原体，因此我们可以测试每种方法的效果如何。

“然后我们在一些真实的癌症测序数据上测试了我们的方法，我们知道我们期望看到的结果。

“除了发现已知与癌症有关的病原体，我们还发现了更多的病原体。我们才刚刚开始探索这些其他病原体可能在癌症发展中所起的作用。”

布鲁尔博士补充说：“已经有一种HPV疫苗被认为可以预防约70%的宫颈癌病例。我们希望，通过鉴定与其他癌症有关的细菌和病毒，将来可以开发新的疫苗。”