包括急性骨髓性白血病(AML)在内的骨髓恶性肿瘤是由获得体细胞突变的造血干细胞和祖细胞的扩增引起的。散装分子谱曾建议突变以逐步的方式获取的：突变基因具有高变体等位基因频率在leukaemogenesis早期出现，并与等位基因频率下变体的突变被认为是后获取的1，2，3。

尽管批量测序可以提供有关白血病生物学和预后的信息，但它无法区分同一克隆中发生了哪些突变，无法准确测量克隆的复杂性或明确阐明突变的顺序。为了描述骨髓恶性肿瘤的克隆框架，我们对来自123例患者的146个样本进行了单细胞突变分析。在这里，我们显示AML由少数克隆控制，这些克隆经常在表观遗传调控因子中同时发生突变。相反，信号基因的突变通常在不同的亚克隆中发生不止一次，这与克隆多样性的增加是一致的。

我们绘制了每个样品的克隆轨迹和未发现的突变组合，这些突变协同作用促进了克隆的扩展和优势。最后，我们将蛋白质表达与突变分析相结合，以绘制体细胞基因型和具有免疫表型的克隆结构。我们的发现为了解髓样转化的发病机理以及克隆复杂性如何随疾病进展而发展提供了见识。