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1.细菌：成人粪便中主要的菌群是大肠埃希菌、肠球菌和厌氧菌，约占80%。另外，还有少量的产气杆菌、变形杆菌、芽胞菌及酵母菌等。

健康婴幼儿粪便中主要是双歧杆菌、拟杆菌、肠杆菌、肠球菌、葡萄球菌等。

粪便中球菌和杆菌的比例大约为1:10。长期使用广谱抗生素、免疫抑制剂及慢性消耗性疾病患者可发生肠道菌群失调，引起革兰阴性杆菌数量严重减少甚至消失，而葡萄球菌或真菌等明显增多，粪便中球菌/杆菌比值变大。

2.寄生虫卵

肠道寄生虫感染时可见到的虫卵有蛔虫卵、鞭虫卵、钩虫卵、蛲虫卵、血吸虫卵、肺吸虫卵、肝吸虫卵、姜片虫卵等。临床上常采用饱和盐水漂浮法、离心沉淀法、静置沉淀集卵法等方法来提高阳性检出率。

3.肠道原虫

(1)溶组织阿米巴

(2)蓝氏贾第鞭毛虫

(3)隐孢子虫

(4)人芽孢子虫

4.酵母菌

粪便中常可见到酵母菌，为卵圆形，其排列因芽生增殖呈出芽或短链状。

5.真菌

正常粪便中少见，应排除容器污染或粪便显露室温下过久污染所致。真菌孢子直径约3～5μm，椭圆形，有较强的折光性，革兰染色阳性，大都有菌丝同时出现。一般见于应用大量抗生素所致的肠道菌群紊乱，引起真菌性二重感染。