甘薯在世界各地都有种植，是一种重要的营养来源，尤其是在撒哈拉以南非洲和亚洲饮食中。甘薯对撒哈拉以南非洲地区尤为重要，因为它是维生素A的来源，而维生素A是该地区通常缺乏的一种营养物质。虽然中国目前是每个国家/地区最甜的马铃薯产区，但撒哈拉以南非洲有更多的土地种植甘薯，并继续扩大其产量。其他地方的农民也在种植越来越多的红薯。

虽然红薯很重要，但是关于红薯微生物群却知之甚少。昆虫学家布鲁克比辛格(Brooke Bissinger)解释说：“植物的微生物群会深刻影响其健康和发育。”他最近在《植物生物群系杂志》上发表了一篇关于红薯的研究。“我们试图通过描述甘薯在实际农场内和农场间的特征，更好地了解甘薯的微生物群落。”

Bissinger和他的同事在AgBiome工作，该公司由比尔梅林达盖茨基金会资助，旨在识别和开发能够保护发展中国家红薯免受昆虫侵害的有益微生物。他们利用这个机会来表征甘薯微生物组，以便为他们的项目和其他对类似工作感兴趣的研究人员提供信息。

他们发现，与更受欢迎的作物类似，甘薯微生物群遵循两步发展模式。

“我们已经证明了构成一个农场的甘薯微生物群中微生物的惊人变化。尽管发生了这种变化，但我们发现了微生物群在单个红薯农场和同一地区的两个农场中如何发展的共性，”微生物基因组学的数据科学家、论文的第一作者查尔斯佩佩-兰尼(Charles Pepe-Ranney)说。

这是首次使用现代下一代测序技术来表征甘薯微生物组——这是利用微生物组提高甘薯产量的重要的第一步。

佩佩-兰尼说，“同样值得注意的是，我们的研究表明，甘薯对其内生菌(生活在植物中的微生物)构成了强烈的生态挑战。”“比如，如果我们要开发一种可以保护红薯免受虫害的红薯内生菌，这种有益于红薯的内生菌必须能够承受红薯本身强大的生态压力。”