考古记录中充满了粪便，这是一个潜在的金矿，可以用来洞察古代的健康和饮食，寄生虫的进化以及微生物群的生态和进化。研究人员的主要问题是确定正在检查的是谁的粪便。由马克斯普朗克人类历史科学研究所(MPI-SHH)的Maxime Borry和Christina Warinner领导的这项最近发表在PeerJ杂志上的研究提出了“粪类：推断古细菌起源的可靠方法”。

机器学习可以实现可靠的分类。

几千年后，很难确定具体粪便的来源。人和狗的粪便特别难区分：大小形状相似，出现在同一个考古遗址，成分相似。此外，在许多古代社会，狗出现在菜单上，我们的狗朋友倾向于清除人类的粪便，从而使简单的基因检测成为问题，因为这种分析可以返回这两个物种的DNA。

为了获得古生菌中包含的洞察力，研究人员开发了粪石(粪石鉴定)。该方法将对古代宿主DNA的分析与用于训练现代粪便中微生物群落的机器学习软件相结合。MPI-SHH，哈佛大学和俄克拉何马大学的研究团队将粪类蛋白应用于新测序和之前发表的数据集，可以可靠地预测古代粪便的来源，表明宿主DNA和独特粪便的结合可以准确区分人和狗的粪便及其微生物菌落。

分类提供了对消化健康的见解。

这项研究的高级作者克里斯蒂娜沃琳娜教授说：“我们研究的意外发现是，考古记录全是狗屎。”但Warinner也希望粪类蛋白有更广泛的应用，尤其是在法医学、生态学和微生物学领域。

准确识别考古粪便来源的能力使我们能够直接调查人类肠道微生物群随时间的结构和功能。研究人员希望这项研究能够为食物不耐受和人类健康中的许多其他问题提供见解。这项研究的第一作者马克西姆博里(Maxime Borry)说：“鉴定人类辅酶应该是古代人类微生物组分析的第一步。”

鲍莉补充说：“随着更多关于非西方化的乡村狗的肠道基因组的数据，我们将能够更好地将更多古老的狗粪便归类为实际的狗，而不是‘不确定’。”随着人类和狗微生物组数据目录的增长，粪类将继续完善其分类，更好地帮助在一系列地理和历史背景中遇到古细菌的研究人员。