一项用于确定术前化疗或新辅助化疗对乳腺癌基因组影响的研究的结果提供了两个关键的见解。一个是治疗前的发现，可以帮助预测哪些患者将从术前化学疗法中受益最大，另一个是治疗后的发现，可以阐明癌细胞如何在化学疗法中生存。研究结果发表在临床癌症研究中。

SWOG癌症研究网络使这项工作成为可能。十年前，SWOG团队启动了一项创新试验S0800，该试验比较了HER2阴性，局部晚期或炎性乳腺癌患者术前进行的两种20周化疗方案。在这项研究中，肿瘤组织样本是在化疗前后采集的，并存储在SWOG的生物样本库中，该库对世界各地的科学家开放。

进行这项研究时，SWOG研究人员Lajos Pusztai医师和Ryan Powles医师均在耶鲁大学癌症研究中心进行研究。他们将样品提交给整个外显子组测序，这是一种实验室技术，可对基因组的蛋白质编码区域进行分类，这是人类基因组的一小部分，称为外显子组。

在他们的研究中，Pusztai和Powles分析了S0800的29种治疗前活检标本，以识别DNA突变模式，然后查看治疗后的化疗反应以查看是否出现任何模式。他们发现，那些被化学疗法彻底根除的乳腺癌患者具有较高比例的DNA突变“特征3”，该特征表明DNA修复存在缺陷，并且可能是由BRCA等基因的损伤引起的。

“这是一个线索，” Powles说，他曾经是耶鲁大学Pusztai实验室的博士生，现在是百时美施贵宝公司的研究人员。“医生可以查看基因测试的结果，以了解哪些乳腺癌患者可能对新辅助化疗反应最佳，哪些患者可能需要其他或其他治疗方案。”

对于其后处理分析，Pusztai和Powles仅能够分析29种化学前和化学后样品中的9种。那是因为治疗杀死了如此多的肿瘤细胞，以至于大多数样本都太小而无法检查。但是，剩下的9个样品非常适合研究化疗耐药性。SWOG小组发现在幸存下来的肿瘤组织中不存在单个基因或基因突变。相反，这些肿瘤细胞具有属于两个生物学途径的突变-E2F Targets和G2M Checkpoint。这些途径是共同作用以调节细胞生长的基因集，如果该过程出错，则可能导致癌症。

SWOG乳腺癌研究委员会主席，耶鲁大学癌症研究中心乳腺癌转化研究主管Pusztai表示：“本文的重要意义在于，它表明，尽管每种癌症都获得了不同基因的突变，但受影响的基因并不是随机的。” 。“在化学疗法中幸存下来的癌细胞在各个水平上都有细胞生长调节的改变。因此，尽管基因可能不同，但是它们却发挥了相同的作用。”